U Istri se tijekom novog vijeka zadržala srednjovjekovna teritorijalna podjela na mletački (obalni dio i gradovi) i habsburški dio (unutraš-njost Istre sa sjedištem u Pazinu). Istarski su gradovi bili organizirani kao i u Dalmaciji, te je svu vlast u njima imalo plemstvo. Habsburgovci su imali vlast u unutrašnjosti Istre, gdje je uglavnom živjelo seosko hrvatsko stanovništvo. Istarsko je stanovništvo bilo malobrojno i bavilo se većinom poljoprivredom i stočarstvom. Najvažnija poljoprivredna grana u Istri bila je proizvodnja ulja, koju je osobito poticala mletačka vlast.
    Epidemije kuge zadavale su istarskom stanovništvu velike zdravstvene teškoće sve do 17. stoljeća. Južni i zapadni dijelovi Istre često su bili izloženi epidemiji malarije. Takve su bolesti uvelike utjecale na malobrojnost istarskog stanovništva.
USKOČKI RAT: Teško stanje dodatno je pogoršao Uskočki rat početkom 17. sto-ljeća. Rat između uskoka i Mletačke Republike počeo je presretanjem mletačkih lađa koje su trgovale s Osmanlijskim Carstvom, a pretvorio se u palež habsburških posjeda u Istri. Diplomatskom borbom posljednjih godina rata Mlečani su uspjeli raseliti uskoke.
REFORMACIJA: Reformatorske ideje nisu se učvrstile u hrvatskim zemljama. Glagoljaška je tradicija bila živa pa su svećenici služili misu i propovijedali na hrvatskome jeziku, a zbog siromaštva i stalne opasnosti od Osmanlija ni svećenstvo nije živjelo rastrošno. Tek su krupni plemići, poput grofova Zrinskih, privremeno pristali uz protestantizam.
    Više je protestanata bilo jedino u rubnim područjima Hrvatske (npr. u Istri i Međimurju) i u krajevima pod osmanlijskom vlašću. Najviše je protestanata bilo u Istri, iako su najpoznatiji od njih djelovali u inozemstvu. Matija Vlačić Ilirik (1520. -1575.) predavao je hebrejski i grčki jezik u Wittenbergu, središtu protestantizma, i bio je blizak Lutherov suradnik. Antun Dalmatin i Stjepan Konzul Istranin objavljivali su protestantske knjige na narodnom jeziku.