U svibnju 1887. godine slikar Károly Jakobey poslao je na nadbiskupiju u Kaloču ponudu koja je na kraju bila prihvaćena i na osnovu nje je odrađena velika obnova crkve u Somboru. U ponudi se pojavljuju imena i njegovih suradnika Károlya Greinera i Henrika Altenbuchnera.
Jakobey u pismu ističe da je u suradnji s profesorom Feichtingerom oslikao 31 crkvu, a sam sa svojim suradnicima uljepšao tri crkve. Govoreći o svom velikom iskustvu, daje do znanja da se njemu takav veliki pothvat kao što je obnova crkve u Somboru može slobodno povjeriti. Također ističe da bi mu bilo drago oslikati crkvu glavnog grada njegovog rodnog kraja. Jakobey je rođen u Kuli 17. kolovoza1826. godine, oslikao je više crkava i u Bačkoj, dosta njegovih radova je sačuvano do danas. Preminuo je u Budimpešti 14. rujna 1891. godine.
Njegov prijedlog je bio sljedeći:
Ne stropu crkve u kupoli iznad glavnog oltara bi naslikao svoju kompoziciju »vjera, nada, ljubav«. U sljedećoj kupoli Marijino uznesenje, po Nicolasu Poussinu. U jednu kupolu bi smjestio četiri evanđelista koja bi bila isto njegova osobna kompozicija. Na zidu s bočne strane u apsidi crkve bi naslikao Emaus, po profesoru Schönherru u jednom ornamentu. 
U lađi crkve na stropu u prvoj kupoli naslikao bi kompoziciju Tri Kralja, po profesoru Pfanmschnudu. U drugu kupolu bi smjestio prikaz Isusa kao djeteta sa simbolima otkupljenja, po Luciu Giordanou. U trećoj kupoli »Transfiguratio Christi« tj. Preobraženje Gospodinovo, po Ra-ffaelu Sanciou. U četvrtu kupolu Krunisanje Blažene Djevice Marije, po Kremseru Schmidtu.
Kako je točno izgledao oslikani strop crkve, ne znamo, imamo samo jednu fotografiju na kojoj to djelomično vidimo. Godine 1939. te slike su bile već u tako lošem stanju da ih se nije moglo obnoviti, naslikane su nove, posao je odradio Richer Holzner iz Münchena. Možemo pretpostaviti da su teme ostale iste. 
Prilikom farbanja bočnih zidova crkve (devedesete godine) u apsidi je pronađena Jakobeyeva slika Emaus.

Ponuda za vitraže

Ponudu za izradu novih vitraža za sve prozore na crkvi dao je majstor iz Budimpešte Kratzmann. Njegova ponuda je bila dosta skupa, zbog toga se župnik Gyula Fehér odlučio posjetiti ga, da razgovaraju o nekoj drugoj prihvatljivijoj ponudi. Župnik Fehér je posjetio Kratzmanna u Budimpešti, pogledao njegove radove, te zaključio da takve zna napraviti i netko drugi s jeftinijom ponudom. Pored toga Kratzmann se ponašao neljubazno, a visoke cijene je predočio kao da je to skoro pa besplatno. 
Župnik Fehér odlučio je posjetiti i drugog majstora za vitraže, to je bio Sándor Ligeti. Posjetio mu je radionicu i shvatio da se i od njega mogu kupitit kvalitetni radovi po mnogo povoljnijim cijenama. Kad je Kratzmann čuo o konkurenciji odmah je ponudio povoljnije cijene za izradu vitraža i tako je konačno odluka pala na njega.

Promjene na oltarima

Prilikom obnove razmišljalo se o promjeni sporednih oltara, o nabavci novih kipova, slikanju novih oltarnih slika, pa i o uklanjanju nekih oltara. Nadbiskup Haynald je predložio da se neki oltari uklone jer više nije bilo potrebno devet oltara u crkvi, budući da nije bilo toliko svećenika. Župnik Fehér nije dao da se bilo koji ukloni jer se za svaki vezalo posebno štovanje sveca kome je oltar posvećen. Neki oltari su dar poznatih somborskih obitelji, oni se zbog toga ne mogu ukloniti.
Do uklanjanja oltara, hvala Bogu nije došlo, ali su se desile neke promjene. Glavni oltar je dobio nova četiri kipa crkvenih naučitelja, a stari ađeli kerubini u baroknom stilu su zamijenjeni za nove u klasicističkom stilu. Na propovjedaonicu su smještena četiri nova kipa evanđelista, također zamjena za stare. U predvorje crkve postavljen je veći kip Žalosne Gospe koja u rukama drži sina Isusa. Oltar svetog križa je dobio novo raspelo i obnovljen je i Sveti Grob s novim kipom. Žalosna Gospa i raspelo su rad iz Grödena, tirolskih majstora, čuvene firme za izradu kipova u Tirolu.
Oltar posvećen sv. Vendelinu je po riječima župnika Fehéra imao dosta jednostavnu, umjetnički manje vrijednu oltarnu sliku. Umjesto nje, od slikara Jakobeya naručena je nova slika, oltar je posvećen Srcu Isusovu. Postoje tvrdnje da je Jakobey prilikom velike obnove obnovio i oltarne slike i s retuširanjem preinačio njihov originalni izgled. To se ne može sa sigurnošću tvrditi.
Obnova je bila vrijedna i zbog toga što su oltari pa i bočni zidovi, stubovi, sve do početka stropa bili presvučeni umjetnim ili štuko mramorom. Umjetnost pravljenja umjetnog mramora je stigla do svog vrhunca tako da se nije primijetila razlika između radovnog i umjetnog. Osnova za takav mramor je bio gips i pigmentne boje, koje su nakon poliranja dobile sjaj kao i redovan mramor. Ali zbog vlage ta bogata dekoracija nije dugo izdržala, od nje do danas nije ostalo ništa, ni na zidovima ni na oltarima. Godine 1939. prilikom obnove mramor je dočaran uz pomoć farbe. 

Završetak radova

Unatoč financijskim problemima i raspravama koji su prethodili i trajali za vrijeme radova na crkvi, ipak je 19. listopada 1888. godine župnik Fehér sa zadovoljstvom javio nadbiskupu Haynaldu da su radovi na unutrašnjosti crkve u potpunosti završeni. Formirao se tim stručnjaka koji su dali svoje kritike i mišljenja. Rad je prihvaćen od svih s velikim zadovoljstvom. Izgled crkve koji je dobila 1888. godine ostao je sve do 1939. kada je bila ponovna obnova. Na žalost, tada je puno toga pojednostavljeno, međuratni period i tadašnje financijsko stanje nisu omogućili da se crkva tako bogato ukrasi kao 1888. godine. Godine 2013. se pokazala ponovna prilika za obnovom, gdje se vodila pažnja i briga da se dočara stari sjaj crkve. 
Gábor Drobina