Nakon mnogobrojnih nesporazuma i sukoba u Subotičkome nogometnom podsavezu, Bačka je 1939. istupila iz njega i pristupila Hrvatskomu športskom savezu te promijenila naziv u Hrvatski športski klub Bačka. Iste godine postaje članicom Hrvatsko-slovenske lige (osim nje postojala je i Srpska liga), a godinu dana poslije Hrvatske lige (Slovenija je osnovala svoju ligu). U njima je postigla skromne rezultate.
    Nakon ulaska madžarske vojske u grad 1941. godine nove vlasti na čelo kluba postavljaju povjereništvo. Klubu je vraćeno prvotno ime Szabadkai Athletikai Klub Bácska, a natječe se u III. madžarskoj ligi zauzima gornji dio tablice.
PROMJENA NAZIVA: Poslije Drugoga svjetskog rata Bačka, prema sugestiji novih vlasti, mijenja 1945. ime u Hrvatsko fiskulturno društvo »Građanski«, a već godinu dana poslije opet po nalogu u Fiskulturno društvo »Sloboda«. U gradu je 1945. osnovana i nogometna sekcija pri Sportskom društvu željezničara »Spartak«, iz koje će poslije izrasti FK Spartak, klub koji gradske vlasti do danas privilegiraju.
    Prvo prvenstveno natjecanje u nogometu poslije rata počelo je u jesen 1945. razigravanjem za osnivanje I. lige. »Sloboda« u skupini s klubovima iz Subotice, Sombora, Sente i Bačke Topole osvaja prvo mjesto, ali je odlukom političkih vlasti prvenstvo poništeno. U ponovljenom razigravanju u proljeće 1946 mjesni rival Spartak bio je uspješniji i tako stekao pravo razigravanja za I. ligu, nakon kojega je postao i prvoligaš. U proljetnom dijelu sezone 1948. /49. gradske vlasti raspuštaju Slobodu. Manji je broj igrača prešao u mjesni Spartak, a ostali su otišli u druge gradske klubove, najviše u FK Bratstvo.
NAKON RATA U DRUGOM PLANU: Udruživanjem FK Bratstvo i FK Tekstilac 1950. osniva se Sportsko društvo Zvezda, kojemu pristupa većina igrača nekadašnje Slobode, pa se i navijači priklanjaju ovom klubu, koji se nastavlja na Bačkinu tradiciju. FK Zvezda 1969. i službeno mijenja ime u FK Bačka. Otad se Bačka stabilizirala uglavnom na vojvođanskoj razini, gdje se natječe s promjenljivim uspjehom. Na lokalnoj je razini bila uvijek u drugom planu, iza favoriziranog Spartaka.
Od 1920-ih godina do danas Bačku karakterizira kontinuirani rad s mladima, zbog čega je u klubu niknuo velik broj dobrih igrača, od kojih su najbolji poslije odlazili u druge veće klubove, od lokalnog FK Spartak do više domaćih (Crvena Zvezda, Partizan, Rijeka, Mornar i dr.) i inozemnih klubova (Ferencváros i dr.) Najistaknutiji su igrači u poslijeratnom razdoblju reprezentativci Tihomir Ognjanov-Bato, Ante Rudinski i Josip Zemko.
NATJECANJE S NAJJAČIMA: U najnovijem razdoblju klupske povijesti važno je spomenuti obilježavanje 70. i 100. obljetnice nastanka kluba i uspjeh u Kupu Jugoslavije. U sklopu obilježavanja 70. obljetnice 1971. organiziran je i nogometnim turnirom na kojem su, uz Bačke, sudjelovali i budimpeštanski Ferencváros, zagrebački Dinamo i sarajevski Željezničar. Tada je tiskana i prva monografija kluba. Najveći natjecateljski uspjeh u razdoblju nakon II. svjetskog rata bio je plasman u osminu finala Jugoslavenskoga kupa 1974., kad je protivnik Bačke bila u to doba najjača jugoslavenska momčad, splitski Hajduk. Na subotičkome Gradskom stadionu 11. rujna 1974. pred 12.000. gledatelja pobijedio je Hajduk s 2:0. Na turniru u povodu proslave 100. obljetnice postojanja kluba, pored Bačke, sudjelovali su FK Vojvodina (Novi Sad), FK Mladost (Apatin) i FK Hajduk (Kula).
    Tijekom 1990-ih godina utemeljen je Sportsko-poslovni centar Bačka u blizini igrališta. Od 2001. godine klub nosi ime Bačka 1901.
Nastavit će se